В AE, есть плужок (к сожалению не знаю как называется, завтра посмотрю) , который делает анимированную воду (море или океан), небо с движущимеся облаками, пламя и еще что-то там, непомню. Насколько я помню этот плуг должен быть изначально, начиная с 5-ой версии. Признаюсь честно, сам я в АЕ много не работаю, но точно знаю что такие вещи в АЕ делаются.
А что мешает посчитать пламя в Мае во флюидах, а потом наложить его в AE, туда куда следует?