Вообще боолеан глючит - он перестраивает фейсы и в анимации будут видно разное мерцание... поэтому лучше еще и верхнюю поверхность мешсмусить... выбрать с помощью волюм селект (для 3dmax3.1)
или используй специальные тулы: RealFlow, superFlow, спец. CAD для жидкостей - Flow...