Удалять их руками. С автокадом всегда такие проблмы, да и не только с автокадом. Т.к пограмма рассчитана на чертежи, то полигонов и граней на поверхностях она делает немеренно. Даже какую-нибудь простую палку (брус) сам автокад просчитывает длительное время, и делает статичный 3D вьюпорт, который не двигается. С этим можно только смириться.