ИМХО это баг Афтера. Я перепробовал массу вариантов, в том числе и сохранение превью со звуком. Мне кажется это связано с тем, что видео можно рендерить как угодно 15, 25, 30 фр/сек, а вот аудио всегда 30! Поэтому и присутствует дрожание звука. Звук приходится накладывать в другой софтине