Еще раз повторю - все зависит от поставленных задач. Тебе нужен монтаж или композ?
Ядра КСИ FX и АЕ отличаются в принципе по своей структуре. Древовидная структура первого исходит от пакетов DigitalFusion, Shake, Nuke. По большому счету, какой пакет тебе понравится, с таким и работай, потому как их плюсы-минусы ты уже заметила. DF и АЕ дадут тебе наиболее полную свободу действий в отличии от XSI FX.