Объектов или сцен? Работают объекты правильно, но если вы вставите группу, а потом удалите из нее элемент, макс будет постоянно ругаться и исправить это будет достаточно сложно. Со сценой же можно делать все что угодно, кроме модификации. Конечно, это минус, но не большой. И все-таки, почему не работает xrefs.deleteAllXrefs?