Что-то подобное было, кажется до установки апдейтов. Не помню было ли указание страниц или PB в палитре Links, но при затягивании драг энд дропом большого количества картинок, некоторые оказывались за пределами pasteboard и были недоступны.
Можно попробовать скрипт. Нужно скопировать все, что находится ниже, предварительно поменяв на свое имя линка, и вклеить в файл с расширением *.vbs, затем поместить его в папку ...InDesign 2.0 CE\Scripts и запустить из палитры scripts:
' *********** Удаление заданного линка *******************
' *********** Вместо "C:\qqq.tif" впишите имя своего линка
' *********** который необходимо удалить
mySourceName = "C:\qqq.tif"
' ********************************************************
Set myID = CreateObject("InDesign.Application.2.0")
Set myDoc = myID.ActiveDocument
mySourceName = UCase(mySourceName)
countLinks = myDoc.Links.Count
For i = 1 To countLinks
Set currLink = myDoc.Links.Item(i)
If UCase(currLink.Path) = mySourceName Then
Set currImage = currLink.Parent
Set currFrame = currImage.Parent
currFrame.Delete
End If
Next