Лучше, конечно, булить меш, но если это принципиально, то я вот так делал: сперва сделал две копии объекта и "дырки", Одну копию пробулил как Substraction, получил то самое, что у тебя, а вторую пробулил как Intersection, получил обрезанный цилиндр, вырезал у него дно и крышу, а остальное вывернул наизнанку, получилась внутренняя стенка дырки. Потом все это дело только собрать в один объект нужно.