А ну это можно сделать множеством разных способов.
1. Можно просто прописать в рендер глобалах в соответстувующем поле путь до нужных библиотек.
2. Можно создать в рендер глобал кастом текст в котором прописать все что нужно.
3. При экспорте поставить галку Export Includes Startup File, это добавит в фаил инклюд на maya.rayrc где должны быть прописаны уже все шейдера
4. Просто превести в порядок rayrc фаил, там должно быть все прописано кроме mayabase
5. Не парится и воспользоваться готовым решением: http://www.puppet.cgtalk.ru/download/m2mr.shtml
6. А вообще про настройку стенд элона можно почитать тут: http://www.puppet.cgtalk.ru/tutorials/mr_stand_alone.shtml
P.S. Советую обратить особое внимание на 4 и 5 и 6 пункты