Евгений, если разговор о дополнительных плагинах, которые представляют собой шейдеры - то их действительно надо поместить в папку Plugins. Если же ты хочешь, чтобы во вновь созданном проекте в редакторе материалов уже находились настроенные тобой матераиалы, то создай нужный тебе набор этих материалов и сохрани эту сцену в корневой директории Cinema4d под названием new.c4d и template.c4d.