Смотрите, чтобы кодеки были полноценные, а не DirectShow
Вообще-то из довольно долгого общения с Вегасом (Юзаю с 2001 года как монтажку и года с 2000 как аудиомонтажку) скажу, что вегас - наиболее неприхотливая к разным форматам прога.
Сейчас вообще делаю заказ: исходник импортный HDTV 720p tga sequence, моя работа - некомпресс из афтера ави с альфой, все это вегасом же интерполируется, таймшифт и проч, выгружаю в интернет-форматы типа wmv9 и divX. Ну никаких проблем не возникает.
До этого проделывал подобную работу когда импортный материал был в NTCS widescreen, пожатый в divX, все остальное также. Проблем не замечал.
Так что смотри, правильные ли кодеки стоят.