Сглаживание пропадает, потому что поставив галочку separate by material, модификатор сглаживает полигоны с однотипным материалом, а на стыке разных материалов оставляет острую грань.
По поводу первого вопроса: зависит от обстоятельств и нужд.
Если, к примеру, модель крышки стола с текстурой потертостей, трещин и сколов на углах. То нужно моделить, сглаживать, а после этого делать развертку модификатором Анврап UVW и рисовать текстуру в фотошопе.
Если, к примеру, тот же стол. Но чистый, красивый, и нужно выделить отельным материалом серебряную полосу и логотип. Можно поверх смусового модификатора бросить ЕдитПоли или Меш. И нужным полигонам задать разные ID. После чего, в материал эдиторе – МультиСабОбджект.
Если хочешь сделать полотенце, простынь, скатерть – вот тут нужно сперва затекстурировать узор, и уже после применять модификатор Клос или ему подобные. Потому что если сперва смоделить все неровности складки и т.д., текстурирование (если цвет будет не монохромный) превратится в кошмар.