Вообще FLash MX это делает, потом знаю Sorenson Squeeze v.2
(http://www.sorenson.com/content.php?cats=2/4&nav=2),есть ключ(могу послать),но лично
мне флешевский встроенный конвертор больше нравится(по качеству),Хотя
Sorenson Squeeze v.2 можно добится меньшего объёма файла.
Пиши на мыло.