Если небоскребы создавались скриптом и различаются только размерами, то можно сделать так, чтобы квадратные полигоны в точности совпадали с положениями окон. Дальше делаем маску на одно окно и настраиваем текстуру для наложения по полигонам.
У меня была такая задача. Делал скриптом. Результат неплохой, хотя все равно дорабатывал в 2D.