Перепиши m1 = objArray.mesh на m1 = copy objArray.mesh - быстрее будет. И потом если у двух объектов разное количество вершин, то они уж точно не одинаковы, зачем еще сравнивать у них координаты вершин? - Сразу переходи к сравнению следующей пары. Тоже самое и со сравнением самих координат вершин - если уже попались две не равные вершины- зачем после этого сравнивать все остальные - тоже сразу переходи к сравнению следующей пары. В общем у тебя много ненужного делается в скрипте - убери весь мусор будет летать даже с миллионом объектов.