Думаю что в случае с цилиндром можно и поправить сетку ручками. В любом случае сами по себе булевы объекты лучше по геометрии не станут. Опять же можно сделать, как вариант, пару insert Edge Loop и потом растащить вершины в виде формы круга и удалить лишние грани, Я например так сшивал раму мотоцикла, очень даже хорошо получается и хорошо сглаживается. Лучше опять же если конкретный пример покажешь где требовалось сделать действие.