Эффекты никуда не изчезнуть, а будут или растеризованы, или преобразованы в обычные кривые. Параметры растеризации устанавливаются в Document Raster Effects Settings и в Flattening Settings -- если эти параметры выставлены осмысленно, то проблем быть не должно.
Но самое надёжное, особенно если макет насыщен растровыми эффектами и прозрачностями, экспортировать всё в TIFF.