Это Shop создает и записывает в файл еще один слой, содержащий композицию всех слоев картинки — своего рода Flatten layers. Объем файла при этом увеличивается, но тем не менее, этот слой иногда требуется приложениям, использующим PSD: приложения не просчитывают режимы наложения слоев, эффекты и др., а просто берут данные из готового композитного слоя.
Отключается это в Preferences > File Handling > Always maximize Compatibility… Тогда Shop перестанет АВТОМАТИЧЕСКИ делать композитный слой, а будет предлагать в «потенциально проблемных» случаях создать и включить этот слой в PSD-файл при сохранении документа.