Может не в железке дело?
В других программах колесо и средняя кнопка работает?
Проверь установки в драйвере мышином.
Мышь обычная или какая-нибудь экзотика 36-кнопочная с собственной программой настройки?
Не переопределял функцию средней кнопки?
В Customize > Preferences > Viewports tab > Mouse Control group переключатель Middle Button стоит в положении Pan/Zoom?