Можно воспользоваться утилитой ttfconv.exe — она сделает из твоих шрифтов псевдоюникод. Можно прибегнуть к более продвинутым решениям типа FontLab.
А на все сопутствующие вопросы можно получить подробный ответ если воспользоваться «Поиском по форуму».
Илл требователен к качеству шрифтов, по этому и неработают, да и 1000 шрифтов очень критичное колличество, советую подключать нужные через менеджер шрифтов, Suitcase например, а о том как лечить шрифты действительно по форуму было очень много.