Когда пишешь render.bat файл, ставь команду -rep. Этот флаг запрещает стирать уже существующие файлы секвенции.
D:\AW\Maya4.0\bin\render.exe -rep d:\<папка со сценой>\<имя сцены>.mb
Все секвенции сцены считай в одну папку.
Самое главное, чтобы на каждой машине диск, на котором лежит проект (весь проект а не только сцена) был подключен как сетевой, и обозначался одной и той же буквой. В противном случае она не найдет текстуры, которые удобнее всего скопировать в папку source images, создаваемую проектом и брать оттуда. В отличие от МАХ'а, Мауа бардака не терпит.