Точно в реестре хранит.
У меня такой приятный "глюк" произошел:
Я сохранил состояние реестра перед первым запуском Rhino.
Потом запустил Rhino, сохранил файл, вышел и снова сохранил состояние реестра. Сравнил файлы. Соответственно, нашлись несовпадающие значения. Вернул все в первоначальное состояние..
Теперь, как только сохраняешь файл - на 14 сохранении, счетчик снова показывает, что их осталось 25.