Просто надо все аккуратно настаривать. И ИХМО, если скелет сразу не получился , что-то работет не так и сразу исправить не удается, то лучше сделать эту часть склета заново.
А так вообще все просто - надо создовать цепочку костей " сгибая " её сразу под нужным углом , те так, как ты хочешь чтоб она работала в IK. И все будет ок.