Спасибо разобрался. Просто никогда до сегодняшнего дня не пользовался командой apply image. Век живи - век учись ). Почитал немного, посмотрел, вроде разобрался.
Имхо, нет в этом окне большого смысла. Мне все гораздо проще сделать через слои, и их маски. Превратить слой в маску, или его прозрачность в маску. А так же альфаканал в маску слоя и т.п. все это очень легко и удобно в Photoshop.
Ctrl + C
Ctrl + V
Для того что бы использовать альфаканал в качестве маски слоя нужно два действия. ЛКМ+Ctrl на канале, затем в палитре слоев жмем кнопку "add layer mask"
Для просмотра маски слоя --> ЛКМ+Alt на маске слоя.
Ну и так далее...
Мне так удобнее и привычней чем через apply image.