Есть каналы текстур, наверное это то, что тебе нужно, хотя я не уверен, что правильно понял суть проблемы. И в настройках модификатора UVW Map, и в настройках текстуры есть параметр Channel. Так вот он по умолчанию равен 1. Применяй два UVW Map, во втором ставь Channel=2, и в настройках текстуры, которую ты хочешь запустить по этому каналу, тоже ставь Channel=2.