я не вижу разницы между файлом и распечаткой за исключением оттенков в цветах, но это из другой оперы. А что вы хотите получить, непонятно. Если вам необходимо убрать квадрат другого оттенка вокруг иконки то сделайте цвета фона и этого квадрата одинаковыми в числовом значении CMYK или RGB. Второй вариант это вырезать значек точно по контуру.