Скорее всего это глюк AI 10. (Указывать надо, о каком софте речь!)
Если объект крашен в Grayscale 0%, а не в CMYK 0-0-0-0, и в настройках печати установлено Overpint Black, то такой объект шёл оверпринтом, и потому пропадал.
В AI CS с этим всё в порядке.
Или, может быть, у тебя этим белым объектам вручную оверпринты назначены. Так бывает иногда по разным причинам (человечекий фактор).