буль не удаляет весь объект, он его просто скрывает (некорректность в топологии поверхности - это происходит при наличие дырок (hole)). Если нужно сделать дырку просто в фейсе воспользуйся туллсом, который делает дырки (без буля), а остальное - тебе люди уже подсказали.