Да нет, не надо избавляться от от этих объектов, вернее, не обязательно, если делить в ps-файл собираешься сам . Но нужно установить plug-in, о котором упомянул Arkady, и с его помощью подобрать оптимальные параметры для Flattenihg Settings, находящиеся в Document Setup.
Если же файл готовится "на вынос", то надёжнее всего его просто экспортировать в TIFF, хотя и можно сделать Flattening Trancparency? выделив всё (перед этим придётся внедрить линкованные файлы, о которых говорит Doctor Leo), с параметрами, подобранными с помощью того же plug-in-а.