AE - это програма для создания композиций (компоузинга). Если уж так необходимы эти транзакшины - то и создайте их в Премьере, а затем вернитесь в АЕ с готовым файлом и продолжайте себе работу. А специальных плагинов по переходам для АЕ я почемуто не встречал...