Часто сталкиваюсь с подобной шнягой еще с версии 2010 или даже 2009 — когда на один объект назначены разные материалы на уровне полигонов, и у этого объекта, например, при добавлении loop egde или extrude, видимо, меняется порядок нумерации вершин, и на рандомной части полигонов просто отваливается материал. Баг обычно проявляется при очистке истории. Жутко раздражает.
Приходится выделять объект и назначать какой-нибудь один материал на него. Иногда это не помогает и приходится выделять все полигоны и назначать один материал всем им. Иногда эти шаги нужно сделать несколько раз по очереди. И только потом уже, когда полигоны перестают быть прозрачными, можно опять по новой назначать разные материалы на разные полигоны... Печаль.
