По настройкам не отличаются (настройки вызываются двойным щелчком). Но различаются "представлением" (appearance). Если карандаш — это линия типа обычной линии создаваемой пером, то кисть это линия + эффект. Эффект кисти удаляется либо щелчком по значку в палитре кистей (по перечеркнутой кисти), либо в палитре appearance (clear appearance или reduce to basic appearance). К тому же кисть предлагает больше настроек для планшета. Вот пожалуй все отличия.