У меня была похожая проблема, правда я не paint weights рисовал, а текстурку раскрашивал при помощи 3D Paint Tool. В моём случае всё упиралось в координаты текстурирования. Те, которые создаются по умолчанию, не годятся. Нужно выделить на модели все face и пойти в меню SubdSurfaces->Texturing->Automatic Mapping. Создадутся новые координаты, и в моём случае это решило все проблемы. Попробуй.