Все происходит в layer Palette <F7>:
1. Выбираешь два слоя. В меню layer Palette выбираешь Merge Selected.
Обекты верхнего слоя помещаются в нижний поверх существующих, верхний слой удаляется.
или
2. Кликаешь мышкой СПРАВА от названия слоя ЗА КРУЖКОМ. Должна включится цветная точка, а на рабочем поле — выделится все объекты слоя, за исключением запертых. Эту цветную точку перетаскиваешь в нужный слой.
Объекты в слое размещаются поверх существующих.
или
3. В меню layer palette выбираешь Flatten Artwork. Все объекты помещается в текущий слой. Оставшиеся пустыми слои автоматически удаляются.
или
4. Выбираешь объекты на листе. В layer palette упомянутую в п.2 цветную точку перетаскиваешь на нужный слой.
или
5. В меню layer Palette отключаешь Paste Remembers layers. Выбираешь нужные объекты со слоя (или весь слой одним кликом, как описано в п.2). Делаешь им Cut <Ctrl> + <X>. Затем переходишь в нужный слой и делаешь Paste in Front <Ctrl> + <F> или Paste in Back <Ctrl> + <B>. Объекты, соотвественно, размещаются впереди или позади существующих в этом слое.
и т.д.