Можно сделать например так:
1) импортируешь обе модельки в один файл.
2) Берешь первую модельку, выделяешь все полигоны, назначаешь им Material ID например 1.
3) Берешь вторую модельку, выделяешь все полигоны, назначаешь им Material ID 2.
4) Атачишь одну модельку к другой, выбирая опцию "сохранить материалы в зависимости от ID".
5) Накладываешь на получившуюся модель модификатор Unwrap, и видишь что одна готовая развертка наложилась на другую.
6) Выбираешь опцию "покарывать развертку с определенным ID " внизу окошка анврапа, растскиваешь куски развертки из текстурного квадрата, чтоб они не мешали друг другу.
7) Выбираешь опцию "покарывать развертки со всеми ID" и компонуешь куски получившейся развертки.
Вроде все.