Выяснил! Виной всему являлись подложки в EPS с прозрачностью (пусть даже в них был выполнен Flattening), сохранённые для версии AI 10. Помогло только сохранение подложек в восьмой версии Илла (либо растеризация подложек). Короче, баг проявлялся только при сочетании трёх составляющих в одном месте: подложка в EPS версии десятого Илла (в которой была применена полупрозрачность), текст и растр.
Кстати, после сохраняненя подложек в восьмой версии, дистилляция происходит в 10 раз быстее.