Нет необходимости держать перед глазами все материалы. Просто вставляй новые материалы в ячейки со старыми. Чтобы снова вставить старые материалы в окне materal/map browser поставь переключатель на scene.
Я например когда много объектов и необходима туча матриалов пользуюсь Multi/Sub Object а затем объекту назначаю модификатор Material ID и в нем задаю номер материала.