Порой сделаю второе окошко (New window) и там дублируются все действия, которые я делаю в первом окошке, а порой там ничего не происходит, и приходится все далать и в первом и во втором окне.
Такого не может быть. Если делается новое окно для _одного файла_, то это всего лишь другое отображение этого файла, а не его копия. New window - это просто вариант просмотра. Не надо ничего повторять.