Если я правильно понял, Вам необходимо изготовить не сплющенный psd (flatten image) а однослойный с сохранением прозрачностей.
Т.е., Вы сливаете все слои в один, имеющий режим наложения normal. Если под пикселами не normal слоёв есть непрозрачные пикселы слоя normal, то результат будет таким, какой его рисует фотошоп до сведения слоёв в одно целое. Если же под пикселами не normal слоя в normal слое имеется что-то прозрачное, или вообще пусто, то пикселы не normal слоя при сведении их в normal будут отображаться иначе. (так как если бы Вы поменяли режим наложения на normal)
Т.е., наиболее вероятный диагноз - это то, что под soft light в normal имеется что-то с opacity не равной 100% и от этого при сведении слоёв в один их итоговый вид меняется.
Гарантированно работающих способов выхода из этой ситуации я не вижу. По обстоятельствам. Либо мириться, либо дорабатывать подложку. Либо выдать 2 изображения - одно normal, другое soft light.
Если что-то другое, не взаимодействие режимов наложения и прозрачностей, то надо смотреть psd. на глаз сказать трудно.