Глюк наверное. Ргб считать придётся всё равно, хоть это делается значительно быстрее, если объекту присваивоить материал
Use Background. Потом секвенция загружается fcheck'ом, жмется M на клаве, чтобы показать альфу. Далее идёшь на начальный кадр сиквенции и жмёшь
File | Save Animation. Получается последовательность кадров с альфой в ргб каналах. Альфу можно выковырять и как-нибудь более элегантно в какой-нибудь монтажке.