несовпадение кириллических кодировок шрифта (проверь с англ. текстом - все будет OK).
если можно избежать переверстки / внесения в файл изменений, то не открывай EPS, просто заверстай его в quark или indesign, масштабируй - и печатай. хотя это не самый лучший способ, есть подводные камни.
однозначно, лучше масштабировать верстку.