И линии эти уходят за экран... Понажимал много раз кнопку "+" на дополнительной клавиатуре. Возвращается взад изменением в меньшую сторону масштаба манипуляторов (кнопка "-" там же).
Если не помогает, то надо найти файл userPrefs.mel , который обычно лежит по адресу %MAYA_APP_DIR%\4.0\prefs и грохнуть его. После запуска майи всё станет нормально. Если File->SavePreferences или просто выйти из майи, то этот файл создаётся автоматически. Однако грамотнее было бы отредактировать этот файл . Строка -fv "manipGlobalScale" отвечает за длинну линий иконки манипулятора, а строка -fv "manipHandleSize" отвечает за размер стрелок на концах тех линий.