У меня после N-ного количества слияний (merge), МАХ не сохраняет сцену,при сохранении вываливается нахрен. Приходится создавать пустую сцену и уже туда мержить.
Так же после завершения рендеринга анимации (около 1500 кадров) МАХ немного подумав вываливается.
И ещё, поработав с одной сценой, немогу сразу открыть другую, надо закрыть МАХ затем заново его запустить и уже открывать следующую, иначе упадёт.
Скорее всего это из-за железа (память, видео). Рядом один в один "тачка"то же железо, та же винда, те же плагины, тот-же МАХ...
В твоём случае попробуй смержить в новую, пустую сцену. Если всё сразу не мержится, то попробуй по одному объекту (группе). Возможно что-то одно здохло. Я не раз спасался таким образом.
И ещё, не брезгуй автобакапом, в МАХе вещь незаменимая!