Чёто странная проблема, у меня никогда не бывало такого, Майка слетала при рендере, но объекты не пропадали. Скорее это связано с глюками железа или операционки. Хотя сцены бывают порой огромные, с кучей слоёв и полигонов (одна классическая мебель чего стоит) и пайнтов конверченых в поли.
Кстати спасибо JIJI что направил на путь истинный, насчёт рендера из командной строки сложных сцен, всё получилось и посчиталось. Раньше я этим брезговал- считал извращенством.