делаешь объект. затем переходишь в другой слой
( в правом верхнем углу есть ряд таких кнопочек
). эти кнопки разделены наискосок пополам. если нажать в верхний угол то данный слой станет активным. если в нижний угол то слой станет фоновым (background) при этом во вьюпортах обект в фоновом слое отображается в виде черной каркасной сетки.
так вот создаешь в другом слое второй объект.
допустим тебе надо вычисть объект "б" из объекта "а": для этого делаешь слой с обектом "а" активным, а слой с "б" фоновым. после чего multyply -> boolean
или просто клавишу
= [ shift - b ] из меню выбираешь substract.
вроде понятно объяснил.
вообще все эти вещи описанны в документации или на крайний случай зайди на официальный сайт newtek'a там недавно появились flesh туторы по интерфейсу.