(1) Возможно, что в палитре Links рядом (справа) с именами файлов стоят какие-то буквы. Например, PB обозначает, что картинка находится за пределами страницы. Наведите мышку на эти буквы и вы увидите номер страницы...
(2) При вставке картинки через буфер обмена, к примеру, из Illustrator, картинка будет "вшита в тело документа" без отражения в палитре Links. Но Preflight посчитает и проверит эту картинку.
Иногда это бывает удобно. Например, при создании некоторых библиотек InDesign: http://www.kondrashov.org/indesign/
Вытаскивая такие картинки из библиотеки, вы также не получите информации о них в палитре Links документа.