да в общем-то правильно делаешь. единственная причина этого не делать - когда линков немного, ну штук 5, например, т.е. когда кол-во не мешает быстро ориентироваться.
хороший тон в хранении работ - это когда есть папка с работой, в ней папки: fonts, images (links). а в корнее лижит собственно верстка. само собой тексты тоже отдельно. у меня еще часто бывают там же папки original, unused, 2kill. стараюсь называть стандартно везде, тогда очень легко через месяц-другой, при подготовке к архивации, одним поиском найти все папки с этими именами - и в трэш.
интересно, у кого еще какие методы наработаны?