Рисуем сплайн нужной формы, ставим его напротив участка который нужно вырезать и в одной из проекции с помощью инструмента cut и привязки по точкам вырезаем кусок, потом полученные полигоны можно можно екструдом выдавить, если надо сквозное отверстие вырезать, дублируем сплайн на другую сторону объекта и на той стороне так же вырезаем контур потом бриджем объединяем оба куска.