Для нормального ответа мало исходной информации.
Поверхность ровная, не ровная? Одинаковые ямки - это как, одинаковой формы и на одинаковом растоянии друг от друга?
Можно использовать Array, а потом Aling и Boolen - это первое, что приходит в голову. А если сложные объекты, то есть плаг Clue (vмогу ошибаться в названии) но суть в том, что он объекты одного типа размещает на другом объекте. Ну а потом всё равно булить.
Если ямки квадратные пойдут, то полигоны выделить и Extrude + Bevel.