Тебе придеться выбрать. Либо ты не довешиваешь MergeVertex, либо не режешь исходную модель.
Дело в том, что MergeVertex сливает точки с определенными номерами, и если ты режешь исходную модель ты нарушаешь топологию объекта.
Грубо говоря, он продолжает сливать точки с данными номерами, но добавились еще точки и фейсы, которые "стоят у них на пути".
Ты это можешь проследить, включив показ нумерации точек.
Я обычно работаю с двумя половинками, не сшивая их. А сшиваю, когда все готово.